As alfândegas devem ser quase tão antigas como o comércio, elas relacionam-se com as doações e as outorgas dos primeiros forais aos municípios portugueses. Sofreram uma importante alteração no século XVI com as reformas Manuelinas, a centralização régia e o alargamento mercantil da economia portuguesa no contexto dos descobrimentos. Estas instituições estabeleceram-se para cobrarem dois importantes impostos régios: a dízima e as sisas.
No início, o seu objectivo passava pela cobrança dos direitos aduaneiros, ou seja, por cobrar os recursos em benefício das autoridades locais. Em 1774, com o Marquês de Pombal, a organização alfandegária sofreu mais uma reforma importante e decisiva no sentido de uma maior simplificação e uniformização destes direitos. Em momentos diferentes e ao longo da sua história, esses direitos tornaram-se um meio crucial de definição das políticas económicas do Estado, que foram projectados para proteger as mercadorias nacionais (medidas mercantilistas e proteccionistas). Terminaram com o liberalismo e as ideias de mercado livre.
A posição fronteiriça do concelho de Vila Nova de Cerveira explica o desenvolvimento e a criação de uma Casa de Alfândega por onde era conduzido o comércio de importação e exportação entre o Minho e a Galiza. Esta Alfândega tinha por objectivo fiscalizar todas as mercadorias que entravam e saiam por este porto seco, arrecadar os direitos e outros impostos e velar pela boa aplicação das leis e regulamentos aduaneiros.